Это наверно проблема кодировки. Я открыл оба файла в эдиторе у себя под windows, увидел абракадабру, изменил кодировку, сохранил, залил на сервер и все встало на свои места. До этого тоже была проблема: Solr так же искал по полному соответствию. iconv не пользовался.

Кстати, в конце концов мы начали пользоваться SnowballPorterFilterFactory, так как индексация в разы быстрее, а ощутимой разницы с Hunspell все таки не увидели.

С Hunspell довольно просто. Словари по ссылке обязательно нужно перевести в UTF-8. Только открыть и удостовериться, что файл действительно стал читабельным иначе работать не будет. Положить в папку с конфигом, подключить как вы и написали, и все работает! Только строит индекс очень и очень медленно.

Есть еще один альтернативный стимер, но завести к сожалению не смог.
jmorphy2-solr-stemmer который использует библиотеку rymorphy2
https://github.com/anti-social/jmorphy2-solr-stemmer