Так же. На одном хостинге всё нормально встало, а на ВПС никак.

В итоге проблему решил переводом домена в режим CGI (был через Apache), включением SSL и переустановкой Друпала.
Тогда и папки сразу встают как надо, и ничего куралесить с правами не надо.
Дело в том, что папки модулей которые загружаются по вебу, Апач считает своими, и потому не дает нормально с ними работать. А для управления, нужно быть рутом.