Большое спасибо за совет. К счастью проблему удалось решить. Оказалось по ошибке при чистке базы user по ошибке был удален пользователь с номером 0., а его использует Drupal по умолчанию в нодах где не указан автор, таким образом все ноды этого usera перестали выдаваться по запросам. Пользователь восстановлен, ноды появились в выдаче. Проблема решена.