Я долго искал и не нашел решение как при помощи модуля domain решить следующую задачу, так что отпишусь, может кому пригодиться.

В общем, при регистрации нового пользователя создается субдомен с именем пользователя, допустим user.example.com - это решается легко для Drupal 6 - в модуле domain/domain_user там все интуитивно.
А вот с задачей разрешить пользователю выбирать свою тему из шаблонов я справился только долго роясь во всевозможных модулях, но спустя пару часов я таки это нарыл УрА!!! Итак, модуль domain_admin позволяет пользователю выборочно передавать права для управления своим или всеми доменами, а передача прав на управление темой своего субдомена - это то что мне было нужно.

В общем я рад что справился таки с задачей, возможно потом отпишусь более детально по темизации для виртуальных доменов.
Можно отправляться спать со спокойной душой )))