Часто сталкивался с проблемой конфликта javascript библиотек при подгрузке новых модулей (всякие галереи, хайслайд, лайтбокс, лайтвиндоу, сикбокс и тд.). И чаще всего проблема проявлялась именно в том, что отваливался именно FCK Editor. Я в джаваскрипте не очень силен, и копаться времени все никак не было. Да и jQuery.noConflict() как-то тоже геморно юзать: потом переименовывать все $ довольно лень.
Решил я воспользоваться шаблонизатором php для тем в друпале, вот что вышло:

Этот кусок кода добавляем в секцию . Как видно из переменной $_REQUEST - если мы не находимся на странице редактирования, то подключаются библиотеки. Так что это работает если у вас нету еще каких-либо js-модулей на страницах редактирования, юзающие эти скрипты (что чаще всего так и есть).