сперва upgrade до 5.0 и только потом на 5.1
для начала перед апгрейдом скачай 5.х модули
у меня была процедура такая -
1) копирование базы в отдельную базу. апгрейд происходит только с копией, не с рабочей базой!
2) сам апгрейд делаешь либо в отдельной папке или поддомене (куда предварительно скопируешь дистро 5.0) - заранее настраиваешь /sites/default/settings.php на ту базу которую ты сделаешь в п.1 Старый рабочий дистрибутив никуда копировать не надо - пус ть он и дальше работает там где он стоит.
3) перед апгрейдом копируешь новые версии модулей в папку модулей того дистра в котором ты будешь обновлять друпал
4) update.php до 5.0
5) теперь туда где стоит проапгрейденный друпал (уже 5.0) копируешь дистр 5.1 (затираешь ест-но все новыми файлами , за искл. setting.php твоего проапгрейденного сайта)
5) update.php до 5.1

Да, до всех этих операций желательно перейти в оффлайн-режим и вообще откл. модули. Докучи можно почистить базу (кеш & etc).

да, могут быть проблемы с переносом контента cck - в данном случае ничего страшного, можно перенести простыми запросами, только потом будет необходимо очистить кеш cck. у меня проблема возникла с переносом достаточно большой базы, но только с cck контентом (около 16000 нод, из ник около 2-3 тыс. cck), ага, сегодня ночью переносил.

как делал я(у меня тогда еще и база полудохлая была, спасибо хостеру): копирование нужных табиц, установка сайта, перенос(почти ручной, по запросу на таблицу) данных
причем копирование только ручное работало... но сайт я тогда восстановил
запросы элементарные, но много, и главное не пропустить ни одной важной таблицы

когда пытался через пхпмуадмин переносить - фигня выходила, вроде данные все на месте, а ничего не пашет
да, и в последовательностях не помешает ИД прописать